Le Cerea est membre fondateur de l'Observatoire des Sciences de l'Univers (OSU) EFLUVE (Enveloppes fluides: de la ville à l'exobiologie) qui regroupe quatre laboratoires de l'Université Paris-Est: le Cerea, le Certu, le leesu et le Lisa.
Le Cerea est membre du laboratoire d'Excellence (LabEx) Futurs Urbains qui regroupe treize laboratoires de l'Université Paris-Est spécialisés en urbanisme, aménagement, architectures, transports, environnement et économie.
Le Cerea est membre de l'Institut Pierre-Simon Laplace (IPSL), une fondation de laboratoires francilliens en géosciences.